自2002年9月份，东航与日本航空就开始进行代码共享合作，每周运营129条联合航班。日本航空将此举视为与其最大竞争对手——全日空的竞争手段。目前，全日空与上航签署代码共享协议，双方在上海—大阪、上海—东京、大阪—东京和上海—广州、深圳等航线的部分航班上实行代码共享合作。双方还启动了常旅客计划的合作。
